BacDive
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| 内容 | |
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| 说明（描述） | 细菌多样性数据库 |
| 相关信息 | |
| 研究中心 | 莱布尼茨研究所DSMZ—德国微生物与细胞培养物保藏中心有限公司 |
| 主要参考文献（引用） | PMID 39470737 |
| 发布日期 | 2012年 |
| 访问 | |
| 网站 | http://bacdive.dsmz.de/ |
| 网络服务网址 | https://api.bacdive.dsmz.de/ |
| 网络协议与资源描述框架查询语言端点 | https://sparql.dsmz.de/bacdive/ |
细菌多样性数据库（英語：Bacterial Diversity Database），其混成词简称为BacDive，是全球最大的标准化细菌和古菌菌株级信息数据库。
BacDive是一个综合资源，包含有关细菌和古菌菌株的多种数据，包括生物分类学、形态学、生理学、采样和环境数据以及序列信息。[1][2]该数据库建立在来自培养物保藏中心的精选数据基础上。2025年，BacDive包含99,392个菌株的信息，其中包括21,168个模式菌株。该数据库由莱布尼茨研究所DSMZ—德国微生物与细胞培养物保藏中心有限公司托管，是综合DSMZ数字多样性基础设施的一部分。BacDive是de.NBI（德国生物信息学基础设施网络）和ELIXIR（欧洲生命科学生物信息基础设施）的成员。全球生物数据联盟于2022年将BacDive指定为全球核心生物数据资源（Global Core Biodata Resource，GCBR）。[3] 2023年，BacDive被另外命名为ELIXIR核心数据资源。[4]
数据库内容
[编辑]BacDive最初于2012年4月发布，旨在标准化并公开菌种保藏中心、其他文库和出版物的菌株数据。首次发布版本包含18,157个菌株的89,758个条目和179个不同用途的数据字段。[5]
如今（截至2024年12月），该数据库涵盖超过1000个不同的数据字段。数据库目前包含2,709,516个条目，涵盖99,392个菌株。每个条目都链接到一个参考文献。[6] 每个菌株的数据分为“名称和分类学”、“形态学”、“培养和生长条件”、“生理和代谢”、“分离、采样和环境信息”、“安全信息”、“序列信息”等类别。[7]
自2023年以来，使用经过精选BacDive数据训练的机器学习模型生成的高质量预测数据可以在题为“基于基因组的预测”的附加部分中找到。[8]
数据访问
[编辑]可以通过图形用户界面（GUI）、RESTful网络服务或SPARQL协议与资源描述框架查询语言端点访问数据。[9]
GUI提供简单的搜索功能，可自动完成按菌株名称、菌种保藏编号、NCBI分类标识符编号或国际核苷酸序列数据库合作组织（INSDC）序列登录号进行搜索。此外，用户还可以使用高级搜索功能，该功能支持130个数据字段的搜索，并通过组合多个字段进行复杂查询。数据可以以逗号分隔值（CSV）格式下载，包含一个或多个菌株。[10]
通过RESTful网络服务门户BacDive内容可以自动访问（需要免费注册）。为了支持应用程序接口（API）的使用，Python和R语言的软件客户端可用。
其它数据库
[编辑]对于BacDive关注范围之外的数据，提供了其它数据库的链接。
DSMZ数字多样性基础设施内的其他数据库：
外部数据库：
- 欧洲生物信息研究所（EBI）
- 生物学意义化学实体数据库（ChEBI）
- 美国国家生物技术信息中心（NCBI）
- 微生物图谱（MicrobeAtlas）
参考文献
[编辑]- ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. 2015: 448. ISBN 9781118906552.
- ^
Reimer, LC; Sardà Carbasse, J; Koblitz, J; Ebeling, C; Podstawka, A; Overmann, J. BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data. Nucleic Acids Research. January 7, 2022, 50 (Database issue): D741–D746. PMC 8728306
. PMID 34718743. doi:10.1093/nar/gkab961.
- ^ Database from Braunschweig is essential for global bacteria research. dsmz.de. [14 November 2024].
- ^ ELIXIR announces new Core Data Resources and Recommended Interoperability Resources. elixir-europe.org. 14 December 2023 [14 November 2024].
- ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J. BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase. Nucleic Acids Research. October 13, 2013, 42 (Database issue): D592–D599. PMC 3965005 . PMID 24214959. doi:10.1093/nar/gkt1058.
- ^ BacDive News. December 19, 2024.
- ^ Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J. BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis. Nucleic Acids Research. September 17, 2018, 47 (Database issue): D631–D636. PMC 6323973 . PMID 30256983. doi:10.1093/nar/gky879.
- ^ Schober, I; Koblitz, J; Sardà Carbasse, J; Ebeling, C; Schmidt, ML; Podstawka, A; Gupta, R; Ilangovan, V; Chamanara, J; Overmann, J; Reimer, LC. BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data.. Nucleic Acids Research. 29 October 2024, 53 (D1): D748–D756. PMC 11701647 . PMID 39470737. doi:10.1093/nar/gkae959 .
- ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J. BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016. Nucleic Acids Research. September 30, 2015, 44 (Database issue): D581–D585. PMC 4702946 . PMID 26424852. doi:10.1093/nar/gkv983.
- ^ Schober, I; Koblitz, J; Sardà Carbasse, J; Ebeling, C; Schmidt, ML; Podstawka, A; Gupta, R; Ilangovan, V; Chamanara, J; Overmann, J; Reimer, LC. BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data.. Nucleic Acids Research. 29 October 2024, 53 (D1): D748–D756. PMC 11701647 . PMID 39470737. doi:10.1093/nar/gkae959 .
外部链接
[编辑]
- 在BacDive上进行简单搜索
- 在 BacDive上进行高级搜索
- BacDive的网络服务 互联网档案馆的存檔，存档日期2016-09-17.