Pfam
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| 内容 | |
|---|---|
| 说明（描述） | Pfam数据库为蛋白质结构域提供比对和隐马尔可夫模型 |
| 获取的数据类型 | 蛋白质家族 |
| 有机体（生物） | 全部 |
| 相关信息 | |
| 研究中心 | 欧洲生物信息研究所 |
| 主要参考文献（引用） | PMID 19920124 |
| 访问 | |
| 数据格式 | 斯德哥尔摩格式 |
| 网站 | www |
| 下载网址 | 文件传输协议 |
| 其它信息 | |
| 许可 | GNU宽通用公共许可证 |
| 版本 | 37.0 |
| 可否列为书签 | 是 |
蛋白质家族数据库（英語：Pfam，其为protein family〔蛋白质家族〕的混成词），是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註[1][2][3]。
特色
[编辑]Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以：
- 查詢多重序列比對
- 查看蛋白質主要結構
- 檢視物種演化樹
- 連結其他資料庫
- 查看已知的蛋白質結構
Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。
Pfam的最新版本是「Pfam 34.0」（2021年3月，共計19,179個家族）[4]
參見
[编辑]- TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
- InterPro Integration of protein domain and protein family databases
- PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]
參考文獻
[编辑]- ^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907
. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
- ^ Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511 . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.
- ^ Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855 . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.
- ^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12].[永久失效連結]
- ^ Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.
- ^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341 . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.
