UniProt

通用蛋白質資源庫
UniProt
內容
獲取的數據類型	蛋白質注釋
有機體（生物）	所有
相關信息
研究中心	英國歐洲分子生物學實驗室-歐洲生物信息研究所（EMBL-EBI）、瑞士生物信息研究所（SIB）（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）、美國蛋白質信息資源（PIR）（英語：Protein Information Resource）
主要參考文獻（引用）	通用蛋白質資源的當前和未來發展
訪問
數據格式	自定義平面文件、FASTA、GFF（英語：General feature format）、RDF、XML
網站	www.uniprot.org
下載網址	www.uniprot.org/downloads&用於下載完整的數據集ftp.uniprot.org
網絡服務網址	是 – JAVA應用程序接口在這裡看到信息&表現層狀態轉換在這裡看到信息
工具
網絡	高級搜索，BLAST，ClustalO，批量檢索/下載，ID映射
其它信息
許可	創作共用署名-禁止改作
軟件版本號	是
數據發布頻率	4周一次
管理政策	是 – 手動和自動。數據庫監護人和計算算法生成的自動註釋規則。
可否列為書籤	是 – 個別蛋白質條目和搜索

通用蛋白質資源庫（英語：Universal Protein resource，直譯：「通用／聯合蛋白質資源」，混成詞：UniProt），是通過結合瑞士蛋白質數據庫（Swiss-Prot）、歐洲分子生物學實驗室核苷酸序列數據庫與蛋白質翻譯庫（Translation of European Molecular Biology Laboratory nucleotide sequence database，縮寫：TrEMBL）和蛋白質信息資源-蛋白質序列數據庫（PIR-PSD）創建的蛋白質數據中央數據庫，一個全面的，高質量的，免費使用蛋白質序列與功能信息數據，許多內容來自基因組計劃，它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能信息。

UniProt共同體

UniProt共同體由歐洲生物信息研究所（EBI），瑞士生物信息研究所（SIB）（英語：Swiss Institute of Bioinformatics），以及美國蛋白質信息資源（PIR）（英語：Protein Information Resource）組成。歐洲生物信息研究所坐落於英國欣克斯頓（英語：Hinxton）的惠康信任基因組園區（英語：Wellcome Genome Campus），擁有大量的生物信息學數據庫及服務資源。瑞士生物信息研究所位於瑞士的日內瓦，維持專家蛋白質分析系統（英語：ExPASy），該系統是一個蛋白質組學工具和數據庫資源中心服務器的運作。PIR由美國華盛頓特區喬治城大學醫學中心的國家生物醫學研究基金會 (National Biomedical Research Foundation，NBRF) 主辦，是最早的蛋白質序列數據庫，瑪格麗特·戴霍夫於1965年首次出版的《蛋白質序列和結構圖集》（Atlas of Protein Sequence and Structure）。2002年，EBI，SIB和PIR聯合成為UniProt共同體^[2]。

UniProt數據庫的根源

每個共同體成員都積極參與蛋白質數據庫維護和注釋。直到最近，歐洲生物信息研究所（EBI）和瑞士生物信息研究所（SIB）一起產生了瑞士蛋白質數據庫（Swiss-Prot）和TrEMBL數據庫，而蛋白質信息資源（PIR）產生了蛋白質序列數據庫（Protein Information Resource-Protein Sequence Database，PIR-PSD）^[3]^[4]^[5]。這些數據庫與不同的蛋白質序列覆蓋和注釋優先級共存。

參考文獻

^ PMID 21051339（PMID 21051339）
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^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. （原始內容存檔於2015-09-24）.
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外部連結

[pmid21051339-1] PMID 21051339（PMID 21051339）
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[2] 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. （原始內容存檔於2015-09-24）.

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[pmid12520019-4] Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487 . PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040.

[pmid12520024-5] Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.

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閱論編生物信息學
數據庫	測序數據庫：GenBank、European Nucleotide Archive（英語：European Nucleotide Archive）、日本DNA數據庫(DDBJ) 輔助數據庫：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白質信息資源（英語：Protein Information Resource）其它數據庫：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英語：InterPro）專項基因組數據庫：酵母基因組數據庫（英語：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英語：FlyBase）、VectorBase（英語：VectorBase）、PomBase、WormBase（英語：WormBase）、PHI-base（英語：PHI-base）、擬南芥信息資源（英語：The Arabidopsis Information Resource）與斑馬魚信息網（英語：Zebrafish Information Network）
軟件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英語：EMBOSS） HMMER（英語：HMMER） MUSCLE SAMtools（英語：SAMtools） TopHat（英語：TopHat (bioinformatics)）
其它	服務器：ExPASy（英語：ExPASy）本體論：基因本體
機構	歐洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) 美國國家生物技術信息中心（NCBI）瑞士生物信息學研究所（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所維康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
文件格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥爾摩格式（英語：Stockholm format）
有關議題	計算生物學分子系統發生學測序序列比對
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