Ascalaph Designer
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 Ascalaph Designer 图形化分子建模与模拟界面 | |
| 原作者 | Alexey（Alexei）Nikitin |
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| 开发者 | Agile Molecule |
| 首次发布 | 2006年（Agile Molecule 网站版权标示） |
| 当前版本 | 1.8.94（2015-12-03） |
| 编程语言 | C++、Fortran |
| 操作系统 | Windows；Linux（透过 Wine；另有较旧的 Linux 原生版本） |
| 类型 | 分子建模、分子力学、分子动力学、Quantum chemistry、Molecular graphics |
| 许可协议 | GNU GPL v2 |
| 网站 | sourceforge |
Ascalaph Designer 是一套自由及开源的桌面分子建模与模拟软件，由 Agile Molecule 开发，主要作者为 Alexey（Alexei）Nikitin。[1][2] 它在单一 图形使用者界面（GUI）中整合分子建模与视觉化、分子力学/分子动力学（MM/MD）、以及借由外部量子化学程式（例如 CP2K 与 Firefly (PC GAMESS)）进行的量子化学计算工作流程。[2]
版本与平台支援
[编辑]- 最新公开版本：1.8.94（2015-12-03）。[3]
- 授权：GNU GPL v2。[1]
- 操作系统：官方主要提供 Windows 版本；官方亦提及可在 Linux 透过 Wine 执行，并曾提供较旧的 Linux 原生版本。[4]
- SourceForge 专案页显示最后更新日期为 2016-02-08。[1]
功能与特性
[编辑]分子建模与视觉化
[编辑]Ascalaph Designer 提供多视窗分子图形显示与互动式建模工具，包括常见的线框、棒状、球棒、CPK 等表示法，以及晶体/链构建等建模与几何编辑工具。[2]
几何最佳化与分子动力学（MD）
[编辑]- 几何最佳化：支援以共轭梯度法等方法进行分子几何优化。[2]
- 分子动力学：支援多时间步长整合（multiple time step integration）与四阶积分（fourth order integration）。[2]
- 溶剂模型：提供弹性 SPC 水模型（Flexible SPC water model）与隐式水模型（implicit water model）。[1][2]
- 丛集/超级电脑：可配合 MDynaMix 进行计算。[2]
量子化学整合
[编辑]Ascalaph Designer 可透过外部程式（如 CP2K 与 Firefly/PC GAMESS）进行能量、几何优化与由静电势导出的电荷（potential derived charges）等量子化学相关工作。[2]
技术架构
[编辑]SourceForge 专案资讯指出 Ascalaph Designer 使用 OpenGL 与 Qt 作为使用者界面技术，主要以 C++ 与 Fortran 开发。[1]
学术应用
[编辑]下列研究工作中明确提及使用 Ascalaph Designer 进行建模、量子化学计算或分子动力学模拟：
- 在《Carbohydrate Research》研究中，用 Ascalaph Designer 构建黏液分子与二氧化硅表面结构，并搭配 Firefly 计算电荷，后续以 AMBER94 力场与隐式水条件进行分子动力学模拟。[5]
- 在《Zoology》研究中，作者以 Ascalaph Designer 建立黏液相关化合物并以 Firefly/PC GAMESS 进行 ab initio 计算，后续进行分子动力学交互作用模拟。[6]
- 在《European Polymer Journal》研究中，作者明确指出分子动力学模拟使用 Ascalaph Designer。[7]
相关的分子动力学引擎文献
[编辑]参见
[编辑]- 分子动力学
- 计算化学
- 分子建模
- MDynaMix
- AMBER
- GROMACS
- LAMMPS
- NWChem
- ORCA (quantum chemistry program)
- CP2K
- Firefly (PC GAMESS)
外部链接
[编辑]- www
.biomolecular-modeling .com /Ascalaph /（官方页） - www
.biomolecular-modeling .com /Purchase .html（官方下载/版本资讯页） - sourceforge
.net /projects /asc-designer /（SourceForge 专案页）
注释
[编辑]- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Ascalaph Designer. SourceForge. [2025-12-13].
- ^ 2.0 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 Ascalaph Designer for Windows. CNET Download.com. [2025-12-13].
- ^ About: Ascalaph Designer. DBpedia. [2025-12-13].
- ^ Purchase Molecular Modeling tools. biomolecular-modeling.com. [2025-12-13].
- ^ Sanka, Immanuel; Suyono, Eko Agus; Alam, Parvez. The effects of diatom pore-size on the structures and extensibilities of single mucilage molecules. Carbohydrate Research. 2017, 448: 35–42. doi:10.1016/j.carres.2017.05.014.
- ^ Wicaksono, Adhityo; Hidayat, Saifullah; Damayanti, Yudithia; Jin, Desmond Soo Mun; Sintya, Erly; Retnoaji, Bambang; Alam, Parvez. The significance of pelvic fin flexibility for tree climbing fish. Zoology. 2016, 119: 511–517.
- ^ Pahlevan, Mahdi; Alam, Parvez; Xia, Rui; Toivakka, Martti. Self-assembled semi-crystallinity at parallel β-sheet blocks of spider silk-inspired long-chain proteins. European Polymer Journal. 2018, 103: 97–107.
- ^ M.DynaMix – a scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures (dataset record). Elsevier Data Repository. [2025-12-13].