Template:Infobox biodatabase/doc

生物数据库信息框（Infobox biodatabase）用于描述生物学数据库。对于每个数据库，我们想知道它是否仍在使用中，是否有可用的网络服务或结构化查询语言（SQL）访问，是否特定于某个生物体等等。

请不要忘记在文章底部添加分类:生物學資料庫。

字段

内容

• 标题（title）: 标题例子 FusariumDB
• 描述（说明）description:简短 描述例如: 镰孢菌属的网络基础结构
• 范围（scope）: 可能是以下之一：核苷酸序列、核糖核酸（RNA）序列、蛋白质序列、结构、基因组学（非脊椎动物）、代谢和信号通路、人类和其他脊椎动物基因组、人类基因和疾病、微阵列数据和其他基因表达、蛋白质组学资源、其他分子生物学、细胞器、植物、免疫学……
• 生物（有机体）organism: 该数据库特有的一个或多个生物体

相关信息

• 中心（center或centre）: 研究中心。例如美国国家生物技术信息中心（NCBI）
• 实验室（laboratory）: 实验室名称
• 作者（author）: 该数据库的作者
• 主要参考文献（引用文章）citation: 描述数据库的文章的主要引用（或者使用代码pmid=作为PubMed标识符，即PMID，但不要同时使用两者）
• pmid: PMID用于一篇描述数据库的文章 (或者使用代码citation=，但不要同时使用两者)
• 发布（released）: 发布日期

访问

• 标准（standard）: 管理信息系统（MIs）、数据格式、术语
• 格式（format）: 数据格式
• 结构化查询语言（SQL或sql）: 如果数据库可用作公共SQL服务器（可以是指向文档的URL）
• 网络服务（webservice）: 如果有此数据库的网络服务（可能是指向网络服务描述语言（WSDL） 文件的网址。
• SPARQL网络协议与资源描述框架查询语言（sparql）: sparql终端点（如果有）
• 下载（download）: 下载区、文件传输协议（FTP）站点...

工具

• 网络应用程序（webapp）: Web应用程序名称
• 独立（standalone）: 独立／个人使用工具

其它信息（杂项）

• 版本控制（versioning）: 版本控制策略／历史文件访问
• 许可（license）: 数据许可证
• 频率（frequency）: 数据发布频率
• 管理／策展政策（curation）: 填写管理策展政策
• 版本（version）: 发布版本
• 书签（bookmark）: 您能否在此数据库中为实体添加书签（http GET方法）

完整例子模板显示

{{{name}}}

[[File:{{{logo}}}|{{{logo_size}}}|alt={{{logo_alt}}}|upright={{{logo_upright}}}|{{{logo_alt}}}]] {{{logo_caption}}}
截图 [[File:{{{screenshot}}}|{{{imagesize}}}|alt={{{alt}}}|{{{alt}}}]] {{{caption}}}
内容
有机体（生物）	{{{organism}}}
相关信息
研究中心	{{{center}}}
实验室	{{{laboratory}}}
作者（创始人）	{{{author}}}
发布日期	{{{released}}}
访问
数据格式	{{{format}}}
网站	{{{url}}}
下载网址	{{{download}}}
网络服务网址	{{{webservice}}}
公共结构化查询语言（SQL）访问	{{{sql}}}
网络协议与资源描述框架查询语言端点	{{{sparql}}}
工具
网络	{{{webapp}}}
独立	{{{standalone}}}
其它信息
许可	{{{license}}}
軟件版本號	{{{versioning}}}
数据发布频率	{{{frequency}}}
版本	{{{version}}}
管理政策	{{{curation}}}
可否列为书签	{{{bookmark}}}

完整模板

{{Infobox biodatabase
|title       = 
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|description = 
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}}

模板例子

基因银行数据库（GenBank）

内容
说明（描述）	GenBank，NIH基因序列数据库
获取的数据类型	核苷酸序列、蛋白质序列
有机体（生物）	全部
相关信息
研究中心	美国国家生物技术信息中心（NCBI）
主要参考文献（引用）	PMID 21071399
访问
数据格式	XML ASN.1 Genbank format
网站	NCBI
下载网址	ncbi ftp
网络服务网址	eutils soap
工具
网络	BLAST
独立	BLAST
其它信息
许可	公共领域-美国政府
可否列为书签	是

{{Infobox biodatabase
| title = [[GenBank|基因银行数据库（GenBank）]]
| author =
| center = [[美国国家生物技术信息中心|美国国家生物技术信息中心（NCBI）]]
| organism = 全部
| description = GenBank，NIH基因序列数据库
| scope = 核苷酸序列、蛋白质序列
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| download = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webservice = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>[http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| license = 公共领域-美国政府
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| standalone=[[BLAST]]
| webapp=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank format
| bookmark= 是
}}

使用可扩展样式表转换语言（XSLT）快速生成

以下可扩展样式表转换语言（XSLT）样式表 https://gist.github.com/768553 可用于从PubMed文章生成小作品。

可扩展样式表转换语言处理（xsltproc）示例

$ xsltproc --novalid \
>     pubmed4biodb.xsl \
>     "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=19846593&retmode=xml"

{{infobox_biodatabase
|title = REBASE--a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes.
|logo =[[File:Database.png]]
|description = REBASE--a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes.
|scope =
|organism =
|center =
|laboratory = New England Biolabs, Inc, 240 County Road, Ipswich, MA 01938, USA.
|author = Richard J Roberts
|pmid = 19846593
(...)

跟踪分类

• Category:使用Infobox biodatabase且pmid格式错误的页面（7）
• Category:使用未知Infobox biodatabase参数的页面（2）

参见

生物数据库信息框

模板参数

此模板首选参数换行的代码块格式。

参数		描述	类型	状态
box_width	box_width	无描述	未知	可选
Name	title name	无描述	未知	可选
logo	logo	无描述	未知	可选
logo_size	logo_size	无描述	未知	可选
Logo upright scaling factor	logo_upright	参见维基百科:图像以及帮助:图像或MOS:UPRIGHT	未知	可选
logo_alt	logo_alt	无描述	未知	可选
logo_caption	logo_caption	无描述	未知	可选
screenshot	screenshot	无描述	未知	可选
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image_size	image_size imagesize	无描述	未知	可选
alt	alt	无描述	未知	可选
caption	caption	无描述	未知	可选
Description	description	无描述 示例值 简短描述（A short description）	未知	可选
Scope	scope	无描述	未知	可选
organism	organism	无描述	未知	可选
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author	author	无描述	未知	可选
citation	citation	无描述	未知	可选
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