模板:Infobox biodatabase/doc

生物數據庫信息框（Infobox biodatabase）用於描述生物學數據庫。對於每個數據庫，我們想知道它是否仍在使用中，是否有可用的網絡服務或結構化查詢語言（SQL）訪問，是否特定於某個生物體等等。

請不要忘記在文章底部添加分類:生物學資料庫。

字段

內容

• 標題（title）: 標題例子 FusariumDB
• 描述（說明）description:簡短 描述例如: 鐮孢菌屬的網絡基礎結構
• 範圍（scope）: 可能是以下之一：核苷酸序列、核糖核酸（RNA）序列、蛋白質序列、結構、基因組學（非脊椎動物）、代謝和信號通路、人類和其他脊椎動物基因組、人類基因和疾病、微陣列數據和其他基因表達、蛋白質組學資源、其他分子生物學、細胞器、植物、免疫學……
• 生物（有機體）organism: 該數據庫特有的一個或多個生物體

相關信息

• 中心（center或centre）: 研究中心。例如美國國家生物技術信息中心（NCBI）
• 實驗室（laboratory）: 實驗室名稱
• 作者（author）: 該數據庫的作者
• 主要參考文獻（引用文章）citation: 描述數據庫的文章的主要引用（或者使用代碼pmid=作為PubMed標識符，即PMID，但不要同時使用兩者）
• pmid: PMID用於一篇描述數據庫的文章 (或者使用代碼citation=，但不要同時使用兩者)
• 發布（released）: 發布日期

訪問

• 標準（standard）: 管理信息系統（MIs）、數據格式、術語
• 格式（format）: 數據格式
• 結構化查詢語言（SQL或sql）: 如果數據庫可用作公共SQL服務器（可以是指向文檔的URL）
• 網絡服務（webservice）: 如果有此數據庫的網絡服務（可能是指向網絡服務描述語言（WSDL） 文件的網址。
• SPARQL網絡協議與資源描述框架查詢語言（sparql）: sparql終端點（如果有）
• 下載（download）: 下載區、文件傳輸協議（FTP）站點...

工具

• 網絡應用程序（webapp）: Web應用程序名稱
• 獨立（standalone）: 獨立／個人使用工具

其它信息（雜項）

• 版本控制（versioning）: 版本控制策略／歷史文件訪問
• 許可（license）: 數據許可證
• 頻率（frequency）: 數據發布頻率
• 管理／策展政策（curation）: 填寫管理策展政策
• 版本（version）: 發布版本
• 書籤（bookmark）: 您能否在此數據庫中為實體添加書籤（http GET方法）

完整例子模板顯示

{{{name}}}

[[File:{{{logo}}}|{{{logo_size}}}|alt={{{logo_alt}}}|upright={{{logo_upright}}}|{{{logo_alt}}}]] {{{logo_caption}}}
截圖 [[File:{{{screenshot}}}|{{{imagesize}}}|alt={{{alt}}}|{{{alt}}}]] {{{caption}}}
內容
有機體（生物）	{{{organism}}}
相關信息
研究中心	{{{center}}}
實驗室	{{{laboratory}}}
作者（創始人）	{{{author}}}
發布日期	{{{released}}}
訪問
數據格式	{{{format}}}
網站	{{{url}}}
下載網址	{{{download}}}
網絡服務網址	{{{webservice}}}
公共結構化查詢語言（SQL）訪問	{{{sql}}}
網絡協議與資源描述框架查詢語言端點	{{{sparql}}}
工具
網絡	{{{webapp}}}
獨立	{{{standalone}}}
其它信息
許可	{{{license}}}
軟件版本號	{{{versioning}}}
數據發布頻率	{{{frequency}}}
版本	{{{version}}}
管理政策	{{{curation}}}
可否列為書籤	{{{bookmark}}}

完整模板

{{Infobox biodatabase
|title       = 
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}}

模板例子

基因銀行數據庫（GenBank）

內容
說明（描述）	GenBank，NIH基因序列數據庫
獲取的數據類型	核苷酸序列、蛋白質序列
有機體（生物）	全部
相關信息
研究中心	美國國家生物技術信息中心（NCBI）
主要參考文獻（引用）	PMID 21071399
訪問
數據格式	XML ASN.1 Genbank format
網站	NCBI
下載網址	ncbi ftp
網絡服務網址	eutils soap
工具
網絡	BLAST
獨立	BLAST
其它信息
許可	公共領域-美國政府
可否列為書籤	是

{{Infobox biodatabase
| title = [[GenBank|基因银行数据库（GenBank）]]
| author =
| center = [[美国国家生物技术信息中心|美国国家生物技术信息中心（NCBI）]]
| organism = 全部
| description = GenBank，NIH基因序列数据库
| scope = 核苷酸序列、蛋白质序列
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| download = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webservice = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>[http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| license = 公共领域-美国政府
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| standalone=[[BLAST]]
| webapp=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank format
| bookmark= 是
}}

使用可擴展樣式錶轉換語言（XSLT）快速生成

以下可擴展樣式錶轉換語言（XSLT）樣式表 https://gist.github.com/768553 可用於從PubMed文章生成小作品。

可擴展樣式錶轉換語言處理（xsltproc）示例

$ xsltproc --novalid \
>     pubmed4biodb.xsl \
>     "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=19846593&retmode=xml"

{{infobox_biodatabase
|title = REBASE--a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes.
|logo =[[File:Database.png]]
|description = REBASE--a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes.
|scope =
|organism =
|center =
|laboratory = New England Biolabs, Inc, 240 County Road, Ipswich, MA 01938, USA.
|author = Richard J Roberts
|pmid = 19846593
(...)

跟蹤分類

• Category:使用Infobox biodatabase且pmid格式錯誤的頁面（7）
• Category:使用未知Infobox biodatabase參數的頁面（2）

參見

生物數據庫信息框

模板參數

此模板以參數區塊格式為優先。

參數		描述	類型	狀態
box_width	box_width	沒有描述	不明	非必填
Name	title name	沒有描述	不明	非必填
logo	logo	沒有描述	不明	非必填
logo_size	logo_size	沒有描述	不明	非必填
Logo upright scaling factor	logo_upright	參見維基百科:圖像以及幫助:圖像或MOS:UPRIGHT	不明	非必填
logo_alt	logo_alt	沒有描述	不明	非必填
logo_caption	logo_caption	沒有描述	不明	非必填
screenshot	screenshot	沒有描述	不明	非必填
collapsible	collapsible	沒有描述	不明	非必填
image_size	image_size imagesize	沒有描述	不明	非必填
alt	alt	沒有描述	不明	非必填
caption	caption	沒有描述	不明	非必填
Description	description	沒有描述 範例 簡短描述（A short description）	不明	非必填
Scope	scope	沒有描述	不明	非必填
organism	organism	沒有描述	不明	非必填
center	center	沒有描述	不明	非必填
laboratory	laboratory	沒有描述	不明	非必填
author	author	沒有描述	不明	非必填
citation	citation	沒有描述	不明	非必填
pmid	pmid	沒有描述	不明	非必填
centre	centre	沒有描述	不明	非必填
released	released	沒有描述	不明	非必填
standard	standard	沒有描述	不明	非必填
format	format	沒有描述	不明	非必填
url	url	沒有描述	不明	非必填
download	download	沒有描述	不明	非必填
webservice	webservice	沒有描述	不明	非必填
sql	sql	沒有描述	不明	非必填
sparql	sparql	沒有描述	不明	非必填
webapp	webapp	沒有描述	不明	非必填
standalone	standalone	沒有描述	不明	非必填
license	license	沒有描述	不明	非必填
versioning	versioning	沒有描述	不明	非必填
frequency	frequency	沒有描述	不明	非必填
version	version	沒有描述	不明	非必填
curation	curation	沒有描述	不明	非必填
bookmark	bookmark	沒有描述	不明	非必填