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Template:Infobox protein family/doc

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该模板为蛋白质家族信息框(Infobox protein family),是利用生物数据库(例如如Pfam)中定义的蛋白质家族/域的模板。

用法

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要使用此模板,请复制以下文本并将其粘贴到文章顶部。请尽可能填写所有字段,即使缺少某些信息也无需担心。

{{Infobox protein family
| class = <!-- 为了节省空间:mw-collapsible mw-collapsed -->
| Symbol = 
| Name = 
| image = 
| caption = 
| Pfam = 
| Pfam_clan = 
| ECOD =
| InterPro = 
| SMART = 
| PROSITE = 
| MEROPS =
| CATH =
| SCOP = 
| TCDB = 
| OPM family = <!-- 实际上是OPM超家族。仅当蛋白质家族与“超家族”完全匹配时才写入! -->
| OPM protein = 
| CAZy = 
| CDD =
| Membranome superfamily = <!-- 与上述相同:仅当完全匹配时。 -->
| Membranome family =
}}

例子

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以下填写的Pfam信息框模板会生成右侧的信息框。

配体结合域 (Ligand-binding domain,LBD)
标识符
符号Hormone_recep
蛋白质家族数据库(Pfam)PF00104
蛋白质结构域进化分类(ECOD)英语Evolutionary Classification of Protein Domains188.1.1.1
蛋白质互联数据库(InterPro)英语InterProIPR000536
简单模块化结构研究工具(SMART)英语Simple Modular Architecture Research ToolSM00430
分类-结构-拓扑折叠-同源超家族蛋白质数据库(CATH)英语CATH database1lbd
蛋白质结构分类数据库2(SCOP2)英语Structural Classification of Proteins1lbd / SCOPe / SUPFAM
保守域数据库(CDD)英语Conserved Domain Databasecd06157
可用的蛋白质结构:
蛋白质家族数据库(Pfam)  结构 / ECOD  
蛋白质数据库(PDB)结构生物信息学研究合作实验室PDB; PDB欧洲; PDB日本
蛋白质数据库概述(PDBsum)英语PDBsum结构概述
{{Infobox protein family
| Symbol = Hormone_recep
| class = collapsible
| Name = 配体结合域 (Ligand-binding domain,LBD)
| image = RORC_3L0L.png
| caption = {{le|视黄酸受体相关孤儿受体γ|RAR-related orphan receptor gamma|RORγ}} ({{PDB|3L0L}})
| Pfam = PF00104
| ECOD = 188.1.1.1
| InterPro = IPR000536
| SMART = SM00430
| PROSITE = 
| SCOP = 1lbd
| CATH = 1lbd
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| CDD = cd06157
}}

分类

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模板数据

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以下是该模板的模板数据,适用于可视化编辑器等工具。

Infobox protein family模板数据

这是生物数据库(如Pfam)中定义的蛋白质家族/域的模板。

模板参数

此模板首选参数换行的代码块格式。

参数描述类型状态
符号Symbol

无描述

单行文本可选
名称Name

无描述

单行文本可选
图像image

如果不需要隐藏跟踪类别,请填写"NONE"

文件可选
宽度width

图像宽度

字符串可选
标题caption

图片标题

字符串可选
InterPro家族标识符InterPro

无描述

未知可选
Pfam家族标识符Pfam

自动链接到Pfam家族记录

单行文本可选
Pfam氏族标识符Pfam_clan

自动链接到Pfam氏族记录;氏族是一组相关家族(~超家族)。

单行文本可选
ECOD标识符ECOD

自动链接到ECOD数据库

单行文本可选
Interpro标识符Interpro

自动链接到Interpro条目

单行文本可选
SMART登录号SMART

自动链接到简单模块化架构研究工具中的域条目

单行文本可选
PROSITE记录标识符PROSITE

自动链接到PROSITE记录搜索

单行文本可选
MEROPS记录标识符MEROPS

自动链接到MEROPS记录(MEROPS的范围是肽酶及其抑制剂)

单行文本可选
SCOP(域/PDB登录号)SCOP

给定PDB登录号或SCOP域名,自动链接到SCOP和SUPFAMpage。

单行文本可选
SCOP2覆盖SCOP2

SCOP和SCOP2使用不同的域命名法。如果为SCOP指定了域,请使用此值。

示例值
8029676
未知可选
CATH(域/PDB登录号)CATH

给定CATH域ID或PDB登录号,自动链接到CATH(蛋白质结构域分类)。

单行文本可选
TCDB标识符TCDB

自动链接到转运蛋白分类数据库中的标识符搜索

单行文本可选
OPM超家族标识符OPM family

自动链接到膜蛋白质方向数据库中的超家族记录。

单行文本可选
OPM蛋白质标识符OPM protein

值通常是PDB标识符;自动链接到膜中蛋白质方向数据库中的蛋白质记录

单行文本可选
CAZy家族标识符CAZy

自动链接到碳水化合物活性酶数据库中的家族描述页面。

单行文本可选
CDD uidCDD

自动链接到保守域数据库中的记录

单行文本可选
alignalign

无描述

未知可选
image_sizeimage_size

无描述

未知可选
altalt

无描述

未知可选
Membranome superfamilyMembranome superfamily

无描述

未知可选
Membranome familyMembranome family

无描述

未知可选
classclass

信息框级别

示例值
mw-collapsible mw-collapsed
未知可选
belowbelow

脚注

未知可选
PDBPDB

PDB示例。仅在以下情况使用:无可用图像、无CATH/SCOP示例、InterPro或PDB搜索失败。

内容弃用